Pasaron varios años desde que Juan Ponce de León divisó las costas de la Florida, en 1513, antes que un asiento se efectuara en estas tierras. Hubo expediciones tierra adentro, pero no se establecieron villas en tales ocasiones.

Realmente fueron los franceses los primeros europeos en establecerse en lo que es hoy la costa norte del Atlántico de la Florida. Este poblado se asentó en 1564, en la desembocadura del río St. Johns, lo cual podía llegar a ser una amenaza para las flotas que llevaban los tesoros americanos a Europa. Entonces los españoles decidieron poblar aquella región como medida de protección.

Don Pedro Menéndez de Avilés junto con unas 800 personas más, en su mayoría hombres, en 1565 se dio a la tarea de poblar la zona ya mencionada. Menéndez de Avilés ofreció dar a la nueva población el nombre del santo en cuyo día se divisara tierra. Ese día fue el 28 de agosto de 1565, día de San Agustín de Hipona. Pocos días después, el 8 de septiembre, desembarcaban en un poblado de nativos americanos de la cultura Timucua. Se celebró la misa y al poblado, al cual se le llama la Villa de Seloy por ser el nombre de su cacique, se le dio el nombre de San Agustín.

Los nativos americanos le dieron recibida a Menéndez de Avilés y al principio las cosas marcharon bien. Nueve meses más tarde ya las intenciones fueron conocidas a fondo y surgió un enfrentamiento entre los timucuas y los españoles. Como resultado los españoles tuvieron que trasladarse a la isla Anastasia, al otro lado de la bahía, hasta que las cosas se tranquilizaron y pudieron regresar.

De acuerdo a las crónicas y excavaciones arqueológicas, la Villa de Seloy aparenta haber estado en la orilla de la bahía, desde donde hoy se encuentra la Fuente de la Juventud hasta la misión de Nombre de Dios.